Dra. Carmen Nina Pastor Colón |
Profesor InvestigadorLaboratorio de Dinámica de Proteínas y de Ácidos Nucleicos Categoría: Categoría: Titular C – SNI: Nivel III Formación académica.
Email: nina@uaem.mx Tel: +52 (777) 3297000 ext. 3289 / +52 (777)3297020 Cuerpo Académico. CA-160 Dinámica de proteínasLinea de investigación: Dinámica funcional y anómala de proteínas; Reconocimiento molecular. |
Publicaciones originales recientes
1. Palacios-Can FJ, Silva-Sánchez J, León-Rivera I, Tlahuext H, Pastor N, Razo-Hernández RS. 2023. Identification of a Family of Glycoside Derivatives Biologically Active against Acinetobacter baumannii and Other MDR Bacteria Using a QSPR Model. Pharmaceuticals (Basel). 16(2):250. doi: 10.3390/ph16020250.
2. Yadira Meunier-Carmenate, Gilberto Valdés-García, Roberto Maya-Martinez, Leidys French-Pacheco, Arline Fernández-Silva, Yoselin González-Onofre, Cesar Millan-Pacheco, Nina Pastor, Carlos Amero. 2023. Unfolding and Aggregation Pathways of Variable Domains from Immunoglobulin Light Chains. Biochemistry 1000-1011 DOI: 10.1021/acs.biochem.2c00704.
3. Meléndez-Zempoalteca, A., Juárez-González, V.R., Rudiño-Piñera, E. et al. 2022. Antivenom Derived from the Ct1a and Ct17 Recombinant Toxins of the Scorpion Centruroides tecomanus. Int J Pept Res Ther 28, 133. https://doi.org/10.1007/s10989-022-10439-5
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4. Ortega-Rojas,M.A., Castillo,E., Razo-Hernandez,R.S., Pastor,N., Juaristi,E., Escalante,J. 2021. Effect of the Substituent and Amino Group Position on the Lipase-Catalyzed Resolution of γ-Amino Esters: A Molecular Docking Study Shedding Light on Candida antarctica lipase B Enantioselectivity. European Journal of Organic Chemistry, (34), 4790-4802.
5. Lugo-Reyes SO, Pastor N, González-Serrano E, Yamazaki-Nakashimada MA, Scheffler-Mendoza S, Berron-Ruiz L, Wakida G, Nuñez-Nuñez ME, Macias-Robles AP, Staines-Boone AT, Venegas-Montoya E, Alaez-Verson C, Molina-Garay C, Flores-Lagunes LL, Carrillo-Sanchez K, Niemela J, Rosenzweig SD, Gaytan P, Yañez JA, Martinez-Duncker I, Notarangelo LD, Espinosa-Padilla S, Cruz-Munoz ME. 2021. Clinical Manifestations, Mutational Analysis, and Immunological Phenotype in Patients with RAG1/2 Mutations: First Cases Series from Mexico and Description of Two Novel Mutations. J Clin Immunol. 41(6):1291-1302.
6. Vargas-Jaimes, L., Rodriguez, M.C., Argotte-Ramos, R. et al. 2021. Recombinant C-Terminal Domains from Scorpine-like Peptides Inhibit the Plasmodium berghei Ookinete Development In Vitro. Int J Pept Res Ther 27, 817-829.
7. Beltrán-Vidal J, Carcamo-Noriega E, Pastor N, Zamudio-Zuñiga F, Guerrero-Vargas JA, Castaño S, Possani LD, Restano-Cassulini R. 2021. Colombian Scorpion Centruroides margaritatus: Purification and Characterization of a Gamma Potassium Toxin with Full-Block Activity on the hERG1 Channel. Toxins (Basel). 13(6):407.
8. Vargas-Jaimes, L., Rodriguez, M.C., Argotte-Ramos, R. et al. 2020. Recombinant C-Terminal Domains from Scorpine-like Peptides Inhibit the Plasmodium berghei Ookinete Development In Vitro. International Journal of Peptide Research and Therapeutics.
9. Díaz-Peralta L, Razo-Hernández RS, Pastor N, Santiago A, Guevara Salazar JA, Fernández Zertuche M. 2020. 1,4-Disubstituted-1,2,3-triazole GABA Analogues: Synthesis, In Vitro Evaluation, Quantum QSAR and Molecular Docking against Pseudomonas fluorescens GABA-AT. ChemistrySelect.
10. Santiago A, Razo-Hernández RS, Pastor N. 2020. Revealing the Structural Contributions to Thermal Adaptation of the TATA-Box Binding Protein: Molecular Dynamics and QSPR Analyses. Journal of Chemical Information and Modeling.
11. Angel E. Pelaez-Aguilar, Gilberto Valdes-García, Leidys French-Pacheco, Nina Pastor, Carlos Amero, and Lina Rivillas-Acevedo. 2020. Site-Specific Interactions with Copper Promote Amyloid Fibril Formation for λ6aJL2-R24G. ACS Omega. 5, 7085-7095.
12. Hernández-Segura T, Pastor N. 2020. Identification of an α-MoRF in the Intrinsically Disordered Region of the Escargot Transcription Factor. ACS Omega. 5(29), pp. 18331-18341.
13. Maldonado-Santiago, M., Santiago, Á., Pastor, N. et al. 2020. Isatin derivatives as DNA minor groove-binding agents: a structural and theoretical study. Structural Chemistry, 31(4), pp. 1289-1307.
14. Ramirez-Ramirez, J.; Martin-Diaz, J.; Pastor, N.; Alcalde, M.; Ayala, M. 2020. Exploring the role of phenylalanine residues in modulating the flexibility and topography of the active site in the peroxygenase variant pada-i. International Journal of Molecular Sciences, 21(16), pp. 1-15, 5734.
Proyectos actuales
1. Prospección de fármacos dirigidos contra la proteína de unión a cajas TATA (TBP).
2. Identificación de regiones de reconocimiento molecular en proteínas intrínsecamente desordenadas.
Artículos de divulgación y difusión
1. Nina Pastor. «Proteínas con múltiples personalidades» Quiu Revista (http://quiurevista.com), octubre 2018.
2. Carmen Nina Pastor Colón. «No es lo mismo Acabo que Caoba» Hypatia 47: (Julio – septiembre 2014).
3. Nina Pastor Colón y Federico Vázquez Hurtado. «Por qué o para qué ser científico Parte 2» La Unión de Morelos, 15 de julio de 2013.
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4. Nina Pastor Colón y Federico Vázquez Hurtado. «Por qué o para qué ser científico Parte 1» La Unión de Morelos, 8 de julio de 2013.
5. Nina Pastor Colón. «El tiempo pasa … enfermedades de plegamiento». Hypatia 40:26-27 (octubre – diciembre 2011).
6. Pastor Colón, Nina, Fernández Velasco, Daniel Alejandro. «El paisaje conformacional de un dominio de inmunoglobulina explorado con dinámica molecular». Mensaje Bioquímico 35:53-66 (2011).
7. Nina Pastor Colón y D. Alejandro Fernández Velasco. «Estudio de las rutas de (des)plegamiento de proteínas usando la computadora como microscopio molecular». Introducción a la Física Biológica. pp 279-315. El Colegio Nacional (2010). L. García-Colín Scherer, L. Dagdug, M. Picquart, E. Vázquez, Editores. ISBN: 978-607-7630-77-7.
8. C. Millán-Pacheco y N. Pastor Colón. «Competencia entre la lectura directa e indirecta en la interacción proteína-ADN» La Física Biológica en México: Temas Selectos. pp 323-338. El Colegio Nacional (2006). L. García-Colín Scherer, L. Dagdug, P. Miramontes, A. Rojo, Editores. ISBN: 970-640-317-5.
9. N. Pastor. «¿Qué hace un biofísico? Revista Inventio (UAEM), Año 1 (2), 59-68 (2005).
Dirección de tesis recientes
Licenciatura:
1. Diana Amaret Cruzalta González. Caracterización estructural del fragmento 1-23 de la proteína C del virus del dengue. Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. 2018-2019.
2. Alan Morales Ortíz. Efecto de iones metálicos en la agregación de una proteína involucrada en amiloidosis de cadena ligera. Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular), UAEM. 2018-2019.
3. María Fernanda Mata Salgado. Papel de las histidinas en la interacción de la proteína 6aJL2-R24G en su interacción con iones metálicos. Licenciatura en Ciencias (Bioquímica y Biología Molecular). 2021-2022.
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Maestría:
4. Diana Amaret Cruzalta González. Estudio espectroscópico del efecto del Zn(II) en la agregación de fragmentos de la amilina humana. Posgrado en Ciencias. 2020-2022.
5. Alan Morales Ortiz. Efecto del Zn(II) en la agregación de la proteína 6aJL2-R24G. Posgrado en Ciencias. Posgrado en Ciencias. 2020-2023.
6. Yissell Borges Rodríguez. Papel de los triptófanos en el daño inducido por radiación UV en la gama D cristalina humana. Posgrado en Ciencias. 2021-2023.
7. María Fernanda Mata Salgado. Papel de las histidinas en la interacción de la proteína 6aJL2-R24G en su interacción con iones metálicos. Posgrado en Ciencias. 2022-2024.
Doctorado:
8. Co-dirección de tesis de Leidys French Pacheco. Caracterización de la interacción de la proteína AtLEA4-5 con iones metálicos. Posgrado en Ciencias, UAEM. 2016-2020.
9. Angel Enrique Pelaez Aguilar. Estudio espectroscópico de la unión de iones metálicos a la proteína 6aJL2-R24G y el efecto sobre la formación de fibras amiloides. Posgrado en Ciencias, UAEM. 2017-2021.
Capítulos de libro
1. Ambriz-Rivas, M., Pastor, N., and del Río, G. “Relating protein structure and function through a bijection and its implications on protein structure prediction.” Protein Interactions, Chapter 18, 349-368, (2012) Intech, Jianfeng Cai and Rohgsheng E. Wang, Editors.
2. Pastor Nina, Weinstein Harel. 2001. Chapter 10 – Protein-DNA interactions in the initiation of transcription: The Role of Flexibility and Dynamics of the TATA Recognition Sequence and the TATA Box Binding Protein. Theoretical and Computational Chemistry, Vol. 9. 377-407.
3. Pastor Nina, Pardo Leonardo, Weinstein Harel. 1998. How the TATA Box Selects Its Protein Partner. Molecular Modeling of Nucleic Acids Chapter 20, pp 329–345.
Laboratorio de Dinámica de Proteínas y de Ácidos Nucleicos:
Utilizamos simulaciones de dinámica molecular (en supercomputadoras) como si fueran un microscopio molecular para estudiar la dinámica de proteínas y el papel de esta dinámica en eventos de reconocimiento de otras moléculas; éstas pueden ser otras proteínas, ADN, azúcares, lípidos u otro tipo de moléculas. Actualmente trabajamos con una recombinasa (Cre) y con hidrofobinas. En el caso de Cre nos interesa entender cómo selecciona su sitio de unión en el ADN; con las hidrofobinas nos interesa entender los cambios que ocurren para pasar de ser solubles en agua a asociarse para formar películas con una cara hidrofóbica y una polar. También colaboramos con otros laboratorios modelando proteínas para ellos.
Integrantes:
◉ Marco Antonio Ramírez Martínez
◉ Adamary Michelle Hernandez Pineda
◉ Marco Antonio Perez Castillo
◉ Keila Marlen Martinez Barrera
◉ Nubia Alhelí Navarro Quintana
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